Решением Комиссии Таможенного союза от 18.06.2010 N 318
"Об обеспечении карантина растений в таможенном союзе", и в том числе "Положением о порядке осуществления карантинного фитосанитарного контроля (надзора) на таможенной границе таможенного союза" регулируется осуществление карантинного фитосанитарного контроля (надзора) на таможенной границе таможенного союза.
Безусловно саженцы включены в Перечень подкарантинной продукции и являются подкарантинной продукцией.
Но согласно п.3.1. Положения карантинному фитосанитарному контролю (надзору) подлежит каждая ввозимая на таможенную территорию партия подкарантинной продукции, включенной в Перечень подкарантинной продукции. Теоретически, партией может быть и одно растение, но скорее всего, если Вы повезете черенки не в товарных количествах связываться с ними никто не будет.
Кроме того. Фитосанитарный контроль - это не компетенция таможенных органов. Фитосанитарный контроль могут осуществлять только специально уполномоченные органы, например федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору РФ и только в специально оборудованных местах, называемых "фитосанитарный контрольный пост" - оборудованный и обустроенный в соответствии с законодательством пограничный пункт по карантину растений на таможенной границе, создаваемый в пунктах пропуска через государственную границу, либо в иных местах, в которых в соответствии с законодательством оборудуются и обустраиваются пункты по карантину растений.
А насколько я знаю, фитосанитарные контрольные посты у нас имеются даже не во всех аэропортах. Про железную дорогу не знаю.